殆どのWebサービス開発でデータベースを使用します。
データベース（リレーショナル)の設計をする場合、「ERMaster」を使用するのがおすすめです。
「ERMaster」は「Eclipse」のプラグインとなっており、開発はとても古いですが、現在でも使用するには十分な機能があります。